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C.E.70年，由于“血腥情人节”的惨剧发生，地球方面与P.L.A.N.T爆发了持续一年的战争，主角基拉·大和所在的殖民卫星“海利欧波里斯”（Heliopolis）遭到好友阿斯兰·萨拉（Athrun Zala）的Z.A.F.T.特殊部队进攻，二位男主角的重遇，亦作故事的开始。