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平凡的小学三年生高町奈叶，发现从异世界米得基鲁达来的尤诺·斯克莱亚受伤而倒下。他来到这个世界的理由。那因为是他挖掘到太古遗产(平行次元中存在的高度科技的文明的遗产)“宝石之源”分散到“这个世界”。知道了这个情况的高町奈叶，成为与尤诺一起收集宝石之源然后封印的魔法少女。最终在时空管理局里工作。